text 2020 Jurnal Veteriner Vol. 21 No. 1 : 63-74 Hemagglutinin merupakan glikoprotein permukaan virus influenza yang dikode oleh segmen 4 yang berperan penting dalam penempelan pada reseptor sel inang. Hemagglutinin merupakan salah satu marka molekuler penting terhadap karakter patogenitas atau virulensi virus. Selanjutnya, hemagglutinin mempunyai tingkat mutasi yang ekstensif karena mempunyai epitop yang terpapar dengan lingkungan sehingga banyak muncul banyak varian virus. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk melakukan analisa bioinformatika pada sekuen hemagglutinin dari virus flu burung (avian influenza) subtipe H5N1 asal pasar unggas hidup di Jakarta Timur tahun 2014. Hasil analisa molekuler menunjukkan adanya sirkulasi clade 2.1.3 maupun 2.3.2 yang bersifat patogenik dengan beberapa mutasi pada sekuen hemagglutininnya. Isolat-isolat virus tersebut masih menunjukkan afinitas yang tinggi terhadap reseptor unggas. Prediksi struktur 3D hemagglutinin menunjukkan adanya perbedaan konformasi protein terutama pada domain HA2 dan cleavage site. Prediksi-prediksi molekuler ini masih perlu dikonfirmasi lebih lanjut, terutama dengan uji tantang in vivo pada hewan coba. Hartawan, Risza; Dharmayanti, Ni Luh Putu Indi (Balai Besar Penelitian Veteriner). flu burung; avian influenza; H5N1; hemagglutinin; bioinformatika ARTVET2267 ARTVET2267 221206 20221206101608 INLIS000000000017635 Converted from MARCXML to MODS version 3.5 using MARC21slim2MODS3-5.xsl (Revision 1.106 2014/12/19)