02453     2200217   4500001002100000005001500021008004100036020001400077035001900091041000700110100001900117700003500136700001100171700001900182700002400201245010100225250002200326260002500348500173900373650012302112INLIS00000000000002620210323091242210323|||||||||   |   |||   |||| ||   |   a0852-9612  0010-0321000026  aid0 aHany Mucharini0 aKetut Karuni Nyanakumari Natih0 aRamlah0 aErnes Andesfha0 aEnuh Rahardjo Djusa00aIdentifikasi Molekular dinamika genetik virus Avian Influenza subtipe H5N1 clade 2.1.3 dan 2.3.2  aVol. 20, p. 34-45  aBogorbBBPMSOHc2013  aAvian Influenza (AI) subtipe H5N1 termasuk dalam kategori penyakit strategis di Indonesia yang menyebabkan kematian pada ayam, itik, puyuh dan manusia. Identifikasi molekular ini bertujuan untuk mengetahui dinamika genetik virus AI H5N1 sebagai salah satu langkah strategis dalam pencegahan, pengendalian dan pemberantasan penyakit AI. Metode identifikasi menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sequencing. Isolat virus berasal dari Balai Besar Veteriner (BBV) Wates. Analisis filogenetik tree menunjukkan isolat virus dari ayam yang merupakan hasil monitoring tahun 2011 termasuk dalam clade 2.1.3. Adapun isolat itik, entok dan puyuh yang diambil dari outbreak kematianmassal itik tahun 2012 termasuk dalam clade 2.3.2. Hasil analisis keragaman sekuen isolat clade 2.3.2 memiliki tingkat homologi yang tinggi yaitu 99,0%-99,5% terhadap virus reference clade 2.3.2 yang berasal dari Vietnam. Hasil keragaman sekuen antara isolat clade 2.1.3 dan isolat clade 2.3.2 memiliki tingkat keragaman yang rendah yaitu 90,4%-90,9%. Hal ini menunjukkan bahwa virus isolat dari itik ini termasuk virus H5N1 clade 2.3.2 yang merupakan varian baru di Indonesia. Hasil analisis asam amino pada daerah cleavage site, menunjukkan pola pengulangan asam amino arginin (R) dan lisin (K) yaitu PQRESRRKKR (isolat clade 2.1.3) dan PQRERRRKR (isolat clade 2.3.2) yang merupakan indikasi virus H5N1 strain High Pathogenic Avian Influenza (HPAI). Dua belas isolat virus tersebut memiliki pola asam amino yang sama pada receptor binding site (RBS) yaitu glutamin (Q)pada asam amino ke-222 dan glisin (G) pada asam amino ke-224. Hal ini berarti virus yang dianalisa masih mengenali avian reseptor (a 2-3) dan tidak mengalami perubahan pada pocket RBS. 0aAnimal Diseases -- Poultry -- PCR -- ISOLATION -- INDONESIA -- Avian Influenza Virus -- PHYLOGENY -- MOLECULAR GENETIC